Comprende la revisión y análisis de una parte de las operaciones o transacciones efectuadas con posterioridad a su ejecución, con el objetivo de verificar aspectos presupuestales o de gestión, el cumplimiento de los dispositivos legales y reglamentarios aplicables y elaborar el correspondiente informe que incluya observaciones, conclusiones y recomendaciones. El examen especial puede incluir una combinación de objetivos financieros y operativos, o restringirse a sólo uno de ellos, dentro de un área limitada o asunto específico de las operaciones.

También se efectúan exámenes especiales para investigar denuncias de diversa índole y ejercer el control de las donaciones recibidas, así como de los procesos licitarios, del endeudamiento público y cumplimientos de contratos de gestión gubernamental, entre otros. El examen especial se sustenta en métodos, procedimientos y técnicas de auditoria y se adecuan a las políticas y normas de auditoria gubernamental.